Τα φυτά έχουν χρησιμοποιηθεί για ιατρικούς σκοπούς πολλά χρόνια πριν από την καταγεγραμμένη ιστορία του ανθρώπου. Αρχαιολογικά στοιχεία δείχνουν ότι η χρήση των φαρμακευτικών φυτών χρονολογείται από την παλαιολιθική εποχή, δηλ. πριν από 60.000 περίπου χρόνια.

Οι Αρχαίοι Κινεζικοί και Αιγυπτιακοί πάπυροι περιγράφουν φαρμακευτικές χρήσεις για τα φυτά ήδη από το 3.000 π.Χ.

Οι αυτόχθονες πολιτισμοί (όπως οι Αφρικανοί και οι γηγενείς Αμερικανοί) χρησιμοποίησαν βότανα στα θεραπευτικά τους τελετουργικά, ενώ άλλοι ανέπτυξαν παραδοσιακά ιατρικά συστήματα (όπως η Αγιουβέρδα και η παραδοσιακή κινεζική ιατρική) στα οποία χρησιμοποιήθηκαν βοτανικές θεραπείες.

Οι γραπτές αποδείξεις των βοτανικών θεραπειών χρονολογούνται από πάνω από 5.000 χρόνια, στους Σουμέριους, οι οποίοι κατάρτισαν καταλόγους φυτών.

Αρκετοί αρχαίοι πολιτισμοί έγραψαν για τα φυτά και τις ιατρικές τους χρήσεις σε βιβλία που ονομάζονται βότανα.

Στην αρχαία Αίγυπτο, τα βότανα αναφέρονται σε ιατρικούς παπύρους και απεικονίζονται σε εικονογραφήσεις τάφων ή σε σπάνιες περιπτώσεις βρίσκονται σε ιατρικές jars που περιέχουν ίχνη βοτάνων [11].

Μεταξύ των παλαιότερων και σημαντικότερων ιατρικών παπύρων της αρχαίας Αιγύπτου, ο πάπυρος Ebers, χρονολογείται από το 1550 π.Χ. και καταγράφει πάνω από 700 φάρμακα, κυρίως φυτικής προέλευσης [12].

Τα παλαιότερα γνωστά ελληνικά βότανα προέρχονται από τον Θεόφραστο της Ερεσού, ο οποίος έγραψε στην ελληνική ιστορία Plantarum τον 4ο π.Χ. αιώνα, από τους Diocles της Carystus, τον 3ο αιώνα π.Χ., και από τον Krateuas, τον 1ο αιώνα π.Χ. Τα βότανα αυτά έχουν σημαντική αλληλοεπικάλυψη με τα αιγυπτιακά βότανα [13].

Σπόροι που χρησιμοποιούνται πιθανότατα για βοτανοθεραπεία έχουν βρεθεί σε αρχαιολογικούς χώρους της Εποχής του Χαλκού που χρονολογούνται από την Δυναστεία του Shang [14] (περίπου 1600-1046 π.Χ.).

Πάνω από εκατό από τα 224 φάρμακα που αναφέρονται στο Huangdi Neijing, ένα πρώιμο ιατρικό κείμενο της Κίνας, είναι βότανα [15]. Βότανα επίσης εμφανίζονται συχνά στην ιατρική της αρχαίας Ινδίας, όπου η κύρια θεραπεία για τις ασθένειες ήταν η διατροφή [16].

Ο Πεδάνιος Διοσκουρίδης (40-90 μ.Χ.) ήταν σημαντικός γιατρός, φαρμακολόγος και βοτανολόγος, γνωστός κυρίως για το πεντάτομο έργο του «Περὶ ὕλης ἰατρικῆς», με μεγάλη επιρροή στη φαρμακολογία μέχρι το 1600 μ.Χ. Θεωρείται ο μεγαλύτερος φαρμακολόγος της αρχαιότητας, με επιστημονική προσφορά εφάμιλλη με εκείνη του Θεοφράστου στη βοτανική [1].